أولاً: مشكلة المنهج هناك معلومة لابد من الإشارة إليها وهي أن هذه الكلية حين تمت إجازة قيامها اشترط مجلس الأساتذة، وهو أعلى سلطة أكاديمية في الجامعة، بأن لا يتم قبول الطلاب إلا بعد اكتمال كل مطلوباتها من مباني ومعامل وكادر بشري مؤهل ولكن تم قبول الدفعة الأولى من الطلاب في العام الدراسي2017-2018م دون الإعلان العام عبر مكتب القبول بالوزارة أي قبول داخلي وذلك قبل أن تكتمل مباني الكلية، وتمت استضافة الطلاب المقبولين في المجمع الغربي من قبل كلية المختبرات الطبية وكلية العلوم، مع العلم بأن الجناح الغربي أساساً يعاني من الازدحام الشديد.

تم قبول الطلاب على أساس منهج مجاز على نظام الست سنوات، أي اثني عشر فصلاً دراسياً من قبل مؤسسات الجامعة الأكاديمية ومن وزارة التعليم العالي، بيد أن البرنامج الذي أعلن في دليل القبول من قبل التعليم العالي هو نظام الخمس سنوات أي عشرة فصول دراسية بدلاً عن اثني عشرة فصلاً دراسياً.

عليه، وجدت الإدارة أن طلاب الطب يتلقون منهجاً غير مجاز من قبل أية لجنة علمية أكاديمية معروفة داخل الجامعة ولا من قبل وزارة التعليم العالي. وكان لابد من تقنين هذا الوضع المعيب الذي ليس للإدارة الحالية فيه يد وشرعت مباشرة في علاجه وفي نفس الوقت تشكلت لجنة من إدارة الجامعة للتحقيق في التجاوز الذي تم.

بدأت الإدارة بالإصلاح المؤسسي، وذلك بتكوين لجنة من عمداء كليات الطب فى الجامعات المعروفة ومن المجلس الطبي. وفعلا انتهت اللجنة من عملها ورفعت تقريرها للسيد مدير الجامعة الذي بدوره حوّل التقرير للجنة الأكاديمية بالجامعة ومن ثم إلى مجلس الأساتذة حيث تمت إجازة برنامج الخمس سنوات وتم رفعه لوزارة التعليم العالي والبحث العلمي للموافقة عليه.